Outil phylogenique

Salut les bins,
Je voulais savoir si quelqu'un pourrait me référer un bon programme d'analyse d'arbres de phylogénie. Plus spécifiquement, je cherche quelque chose qui me permettrait de sélectionner des branches de l'arbre afin d'exporter le nom ou (idéalement) la séquence associée dans un fichier texte.
J'utilisais HyperTree qui permet de faire des jolies visualisation hyperboliques, mais on ne peut malheureusement pas exporter les sélections.
Évidement, je travaille avec des centaines de séquences alors j'aimerais m'épargner le travail manuel
Quelqu'un peut m'aider ?

Réponse rapide, Hervé Philippe a écrit un programme très puissant pour travailler avec les arbres et les séquences, mais il est destiné à un usage interne, donc il n'est pas du tout user-friendly.

Cependant, j'ai du mal à comprendre ce que tu veux faire exactement.

Quels fichiers as-tu comme point de départ ? Des arbres parenthésés ?
Comment veux-tu sélectionner des sections d'arbres ? Visuellement ou textuellement ? Comment sont tes séquences ? Dans des fichiers séparés (que tu peux retrouver grâce à une correspondance de leur nom avec le fichier de l'arbre) ?

Et pour finir, sous quel OS fonctionnes-tu ?

En attendant, tu peux essayer MEGA. Il peut peut-être te rendre service.

je pense que NCBI a un outil qui fait ce dont j'aimerais, mais je ne l'ai pas essayé.

Citation :

Quels fichiers as-tu comme point de départ ?

Fichiers .fasta alignés. J'ai remarqué que desfois MEGA3 plante lorsqu'on lui fait ouvrir des fichiers .aln avec WINE. Du moins sur un OS 32-bit.

Citation :

Comment veux-tu sélectionner des sections d'arbres ? Visuellement ou textuellement ?

Visuellement ca serait tellement plus pratique

Citation :

Comment sont tes séquences ? Dans des fichiers séparés (que tu peux retrouver grâce à une correspondance de leur nom avec le fichier de l'arbre) ?

Tous dans le même fichier fasta.

Citation :

Et pour finir, sous quel OS fonctionnes-tu ?

Ubuntu 6.10, bien sur!

Ce que j'ai fait pour remédier à la situation:

-Exporter l'arbre en format newick (paretheses) à partir de MEGA
-Sélectionner une des feuilles de la branche désiré
-Ctrl-F dans le fichier parenthésé pour retrouver la branche
-Ensuite, via JalView, sélectionner les séquences (triées) de l'arbre une à la fois. (il s'avère que c'est moins long que de tapper un script)
-Presto (si on oublie pas de peser sur ctrl en selectionnant une séquence de plus !!!)

Avouez que c'est chiant!

T'as un accès à GCG? Parce que dans le temps ça faisait des miracles

hmm, accès a gcg oui, ou SeqLab en serveur X.


J'ai finalement trouvé de quoi qui peut être utile. http://www.geneious.com/

Nice interface graphique, avec plusieurs fonctionalités. Mais c'est destiné pour une utilisation plutot simple et moyenne. P-e que la version PRO est meilleure....

Ça a l'air bien beau leur affaire.
Par contre c'est pas donné la version pro: 195$ pour 1 an, ou 495$ pour une version permanente.
Et ils utilisent ClustalW pour leurs alignements multiples, alors que muscle est 3x plus rapide à qualité égale !
En plus, je ne vois pas d'info sur les capacités de scripts pour les analyses à grande échelle.
[oui je sais, je chiale beaucoup, et gratuitement avec ça... but I'm French after all ]

Finalement, leur programme est rempli de bogues. Du moins la version gratuite.
De plus, on ne peut pas changer la dimension de l'Arbre associé a lalignement, pas tres pratique quand on travaville avec de nombreuses séquences dégénérées.
J'utilise désormais Jalview, on peut trier lalignement multiple en fonction d'un arbre. Avec un petit photoshop ou illustrator, ya moyen de 'scaler' le tout.